Afyonkarahisar'ın tarihi dokusunu yansıtan önemli yapılarından biri olan Taş Medrese, Gedik Ahmet Paşa Camii'nin güneydoğusunda yer almaktadır. 1472 yılında Fatih Sultan Mehmet'in vezirlerinden Mimar Ayaz Ağa tarafından inşa ettirilmiştir.
Medrese, kesme taş kaplamalı olup, dikdörtgen planlıdır ve 2 büyük, 24 küçük kubbeye sahiptir. Girişi batıdadır ve ortasında bir avlu bulunmaktadır. Avlunun her iki yanında revaklar ve revaklara açılan 7’şer hücre ile bir dershane yer almaktadır. Yazlık eyvan da medresenin önemli bir bölümüdür.
Medrese, Gedik Ahmet Paşa Camii ve imaretten sonra inşa edilmiştir. Evliya Çelebi, Seyahatname’sinde medresenin 70 hücreden oluştuğunu ve müderrisin mabeyninde payesi yüksek bir medrese olduğunu belirtmektedir. Günümüzde, medrese el sanatları kursları, sosyal ve kültürel etkinlikler ve bazı bölümlerinde tarihî sergiler için hizmet vermektedir.